Hace tiempo existía iWipe Cache que por cierto esta disponible en Cydia todavía y funciona para cuando tu cambias esos Theme en Winterboard entonces unos icons cogen los cambios y otros se quedan feos o con el Theme anterior pues con esa aplicación borras el Cache y cogerá los cambios por completo. Ahora @insanelyi en su repo coloca una versión de ese script pero que también remueve el Cache del “FolderSwitcherBG” el cual molesta mucho ya que Winterboard no borra esto cuando aplicas un Theme en el 4.0.
Con fs-wipecache puedes borrar esto automáticamente sin necesidad de bregar con algún otro setting. Consiguelo gratis en Cydia a través del repo de: http://repo.insanelyi.com
